Die Methode Naikan wurde zwischen 1940 und 1965 von Ishin Yoshimoto geschaffen. Dieser wollte nach einer tiefgreifenden spirituellen Erfahrung 1937 eine Übung entwickeln, die jeder Person die gleiche Erfahrung ermöglicht. Um so vielen Menschen wie möglich diese Methode zugänglich zu machen, verzichtete er vollkommen auf religiöse und psychologische Elemente.
Das erste Naikan Zentrum wurde von ihm in den frühen 50er Jahren in Nara gegründet und gemeinsam mit seiner Frau Kinuko leitete er dort bis zu seinem Tod 1988 Naikan. Heute gibt es in Japan etwa 40 selbständige Naikan-Zentren.
1953 bot Ishin Yoshimoto das erste Mal mit großem Erfolg Naikan in einer japanischen Strafvollzugsanstalt an. Seither wird Naikan im Strafvollzug in Japan, in Österreich, Deutschland, Südafrika und China eingesetzt.
In Europa bot das erste Mal der 2020 verstorbene Anstaltspfarrer Lothar Finkbeiner in der JVA Vechta (Niedersachsen, Deutschland) seit den späten 70er Jahren Naikan für dessen Insassen an.
1980 wurde das erste öffentliche Naikan in Europa von Franz Ritter im Buddhistischen Zentrum Scheibbs (Niederösterreich, Österreich) organisiert und von Prof. Akira Ishii geleitet.
1981 leitete der Schriftsteller und Psychologen David Reynolds das erste Naikan in den USA.
1983 veranstaltete der Bonner Psychologe Karl-Peter Breuer das erste Naikan in Deutschland unter der Leitung von Akira Ishii.
1985 leitete Franz Ritter das erste Naikan in Südtirol.
1986 wurde von Franz und Martha Ritter in Niederösterreich das erste Naikan-Zentrum – heute Neue Welt Institut – außerhalb von Japan begründet. Es übersiedelt auf mehrere andere Orte, ehe es seit 2012 in Neunkirchen seinen Platz hat.
1987 folgte die Gründung des ersten deutschen Naikan-Zentrums durch Gerald Steinke.
1989 wurde in England ein Naikan von Akira Ishii abgehalten.
1990 begründete Roland Dick in Salzburg das zweite Naikan-Zentrum in Österreich. Es arbeitete neben seinem eigenen Naikan-Angebot auch eng mit der Drogentherapie-Station Erlenhof in Oberösterreich zusammen.
1991 Der erste Internationale Naikan-Kongress findet in Tokyo statt. Gründung der International Naikan Association (INA). Ihm folgen 11 weitere Naikan-Kongresse in aller Welt, der letzte 2019 in Shanghai. Für 2024 ist ein weiterer Kongress geplant.
1992 wurde in Wien von Josef und Helga Hartl das 3. österreichische Naikan-Zentrum begründet. Es übersiedelte 1997 nach Bodingbach in Niederösterreich.
Ebenfalls 1992 leitete Franz Ritter das erste Naikan in der Schweiz.
1993 wird in Wien der Verein Naikido begründet, der Ausbildungen in Shiatsu anbietet, die durch eine Naikan-Praxis unterstützt werden.
Von 1995 bis 2011 wurde Naikan in der österreichischen Justizanstalt für Jugendliche in Gerasdorf eingesetzt.
1998 startet der Österreichische Gewerkschaftsbund ein Jahresprogramm für Betriebsräte zur Burnout- Prophylaxe. Die eingesetzte Methode ist Kodo-Naikan (Verhaltensnaikan), das vom japanischen Unternehmensberater Tadashi Takahashi entwickelt wurde.
Im Jahr 2000 startet das Neue Welt Institut Lebens- und Sozialberatungs-Ausbildungen auf Naikan-Basis, die bis 2015 vielen Menschen die Möglichkeit gibt, einen öffentlich anerkannten Beratungs- und Coaching-Beruf zu ergreifen.
Seit 2003 wird Naikan in allen Justizvollzugsanstalten des Bundeslandes Niedersachsen angeboten. Auch andere deutsche Bundesländer zeigen Interesse und haben teilweise Naikan-Wochen in Vollzugsanstalten durchgeführt.
2005 wird in der Deutschen Justizanstalt Peine bei Braunschweig ein Naikan-Zentrum eingerichtet.
2006 führte der deutsche Pfarrer Lothar Finkbeiner Naikan im südafrikanischen Strafvollzug ein. Seither ist es eine der 10 Resozialisierungs-Methoden, die im Vollzug der RSA eingesetzt werden.
2007 findet im neuen Naikido-Zentrum in Gramastetten bei Linz die erste Naikan-Woche statt. Im gleichen Jahr wird erstmals in China Naikan geübt.
2008 wird vom Verein Sucht e.V. ein Naikan-Zentrum in Dresden eröffnet. Im gleichen Jahr findet in Shanghai das erste Naikan in China statt.
In Asien finden Naikan-Wochen außer in Japan auf den Philippinen, in Taiwan, Nepal, China, Thailand, Kambodscha und Südkorea statt. Weitere Naikan-Wochen wurden in England, Kanada, Australien und Brasilien, Belgien, Portugal und den Niederlanden durchgeführt.
Es etablierten sich weitere Naikan Zentren in Europa und den USA. Auch in China wurden in den letzten 10 Jahren Naikan-Zentren eröffnet.
In der Suchttherapie fand Naikan Verbreitung, in Japan, wo Suchtkliniken die Methode in verstärktem Maße einsetzen und seit 1986 auch in Europa (Erlenhof, Oberösterreich und Hof Fleckenbühl, Deutschland).